McKinney và Henderson đã bị bắt và ban đầu bị buộc tội cố ý giết người, bắt cóc và cướp tài sản. Sau cái chết của Shepard, các cáo buộc đã được nâng cấp từ cố gắng giết người lên giết người cấp độ một, có nghĩa là hai bị cáo đủ điều kiện để nhận án tử hình. Bạn gái của họ, Kristen Price và Chasity Pasley, bị buộc tội là tòng phạm sau khi thực tế.[29] Tại phiên điều trần trước xét xử vào tháng 11 năm 1998 của McKinney, Trung sĩ Rob Debree đã làm chứng rằng McKinney đã tuyên bố trong một cuộc phỏng vấn vào ngày 9 tháng 10 rằng hắn và Henderson đã xác định Shepard là mục tiêu cướp và giả vờ là người đồng tính để dụ anh ra xe tải của họ, và McKinney đã tấn công Shepard sau khi Shepard đặt tay lên đầu gối của McKinney.[31] Thám tử Ben Fritzen làm chứng rằng Price tuyên bố McKinney đã nói với cô rằng bạo lực chống lại Shepard được kích hoạt bởi cách McKinney "[cảm thấy] về những người đồng tính".[31]

Vào tháng 12 năm 1998, Pasley nhận tội trở thành tòng phạm sau khi thực tế là giết người cấp độ một.[32] Vào ngày 5 tháng 4 năm 1999, Henderson tránh ra tòa khi nhận tội giết người và tội bắt cóc. Để tránh án tử hình, hắn đồng ý làm chứng chống lại McKinney và bị Thẩm phán quận Jeffrey A. Donnell kết án hai án chung thân liên tiếp. Tại buổi tuyên án của Henderson, luật sư của hắn lập luận rằng Shepard không phải là mục tiêu vì anh là người đồng tính.[32]

Phiên tòa xét xử McKinney diễn ra vào tháng 10 và tháng 11 năm 1999. Công tố viên Cal Rerucha cáo buộc McKinney và Henderson đã giả vờ là người đồng tính để lấy lòng tin của Shepard. Price, bạn gái của McKinney, đã làm chứng rằng Henderson và McKinney đã "giả vờ là đồng tính để đưa [Shepard] vào xe tải và cướp anh."[12][33] Luật sư của McKinney đã cố gắng đưa ra lời biện hộ cho sự hoảng loạn của người đồng tính, cho rằng McKinney đã bị dẫn đến tình trạng mất trí tạm thời bởi những cáo buộc về tình dục của Shepard. Lời bào chữa này đã bị thẩm phán bác bỏ. Luật sư của McKinney nói rằng hai người đàn ông muốn cướp Shepard nhưng không bao giờ có ý định giết anh.[9] Rerucha lập luận rằng vụ giết người đã được định trước, do "lòng tham và bạo lực", chứ không phải do xu hướng tính dục của Shepard.[34] Bồi thẩm đoàn nhận thấy McKinney không phạm tội giết người định trước mà phạm trọng tội giết người và bắt đầu cân nhắc án tử hình. Cha mẹ của Shepard đã môi giới một thỏa thuận dẫn đến việc McKinney nhận được hai điều khoản chung thân liên tiếp mà không có khả năng được ân xá.[35] Henderson và McKinney bị giam tại Nhà tù bang Wyoming ở Rawlins và sau đó được chuyển đến các nhà tù khác vì quá đông.[36] Sau lời khai của cô tại phiên tòa xét xử McKinney, Price đã nhận tội được giảm nhẹ tội can thiệp vào một sĩ quan cảnh sát.[37]